Short Answer 
La victoria de los españoles sobre el Imperio Inca se debió a la superioridad militar, la división interna del imperio por la guerra civil y las enfermedades traídas por los europeos. La avanzada tecnología militar y la estrategia de Pizarro, junto con las debilidades internas e indígenas, facilitaron la conquista.
Superioridad Militar
Los españoles contaban con recursos y tecnología militar avanzada en comparación con los incas. Esto incluía armas de fuego, caballos y una organización militar más eficaz. A pesar de tener menos de 200 hombres, Francisco Pizarro utilizó la sorpresa y la estrategia para ejecutar maniobras que desestabilizaron a un ejército que era numéricamente superior.
División Interna del Imperio
En el momento de la llegada de los españoles, el Imperio Inca ya estaba debilitado por una guerra civil. La lucha entre los hermanos Huáscar y Atahualpa por el trono provocó una falta de cohesión dentro del imperio. Esto permitió que Pizarro aprovechara la situación y extendiera su control en la región sin una gran resistencia.
Enfermedades Traídas por los Europeos
Las enfermedades como la viruela devastaron a las poblaciones indígenas, debilitándolas antes de la llegada de los conquistadores. La muerte del emperador Wayna Qhapaq en 1528 dejó un vacío de poder que facilitó la caída del Imperio Inca. Esta combinación de enfermedades y crisis de liderazgo permitió a los españoles consolidar su dominio más rápidamente.